Từ năm 1992 đến 2005 Lafata thi đấu cho đội bóng SK České Budějovice của Séc, kèm một thời gian ngắn chơi cho FC Vysočina Jihlava vào năm 2002. Tiền đạo này sau đó chuyển đến câu lạc bộ Skoda Xanthi của Hy Lạp vào tháng 7 năm 2005, nhưng rồi trở lại giải vô địch Séc vào tháng 1 năm 2006. Sau một năm tại Jablonec, Lafata được chuyển đến câu lạc bộ FK Austria Vienna của Áo vào tháng 1 năm 2007 rồi lại quay về Jablonec vào mùa xuân năm 2008. Tại Áo, anh ghi một bàn tại chung kết cúp nội địa.[1]

Ở mùa giải 2010–11, Lafata là vua phá lưới tại giải vô địch quốc gia Séc với 19 bàn.[2]

Anh tiếp tục phong độ ấn tượng ở mùa giải 2011–12, ghi 11 bàn sau 7 trận đầu tiên, vào cuối mùa thu, anh ghi được 18 bàn sau 16 trận.[3] Mùa thu năm 2012, Lafata phá kỷ lục ghi bàn trong một mùa bóng tại giải vô địch quốc gia Séc với bàn thắng thứ 23 trong mùa giải.[4] Anh kết thúc mùa với 25 bàn, trở thành vua phá lưới và thiết lập kỷ lục mới.

Ở mùa giải 2012–13, Lafata ghi 13 bàn sau 16 trận đầu tiên, trở thành vua phá lưới của giải trước khi ký hợp đồng với AC Sparta Praha ở kỳ chuyển nhượng mùa đông.[5] Tháng 3 năm 2014 Lafata ghi bàn thứ 134 tại giải vô địch quốc gia Séc, vượt qua Horst Siegl để trở thành chân sút ghi nhiều bàn nhất mọi thời đại tại Séc.[6] Mùa đông năm 2013, anh ghi một bàn trong trận đấu thuộc vòng 32 đội tại Stamford Bridge gặp Chelsea.

Đầu mùa 2014–15, Lafata ghi 5 bàn thắng trong chiến thắng 7–0 tại vòng loại của Champions League trước Levadia Tallinn trên sân nhà tại Praha.[7] Tiếp tục phong độ cao tại vòng loại Champions League, Lafata ghi một cú hat-trick trong chiến thắng lội ngược dòng 4–2 trước Malmö FF Trên sân nhà tại Praha.[8]Mùa thu năm 2015, Lafata bị từ chối một cú hat-trick (bởi trọng tài người Croatia) trong một trận đấu ở Europa League tại Hy Lạp gặp Asteras Tripolis. Anh ghi bàn trên cả sân khách lẫn sân nhà gặp Schalke 04, giúp Sparta tiến vào vòng đấu loại trực tiếp.

Ngày 30 tháng 7 năm 2017, anh ghi bàn thứ 200 tại giải vô địch quốc gia trong trận hòa 1–1 với đối thủ cùng thành phố Bohemians 1905.[9]